Centro di Biologia Computazionale

Centro di Biologia Computazionale

Il Centro di Biologia Computazionale si occuperà di analizzare ed interpretare l’immensa mole di dati generata da tutti gli altri centri, sviluppando modelli ed elaborando ipotesi per approfondire la nostra comprensione dei processi biologici ed il loro impatto sulla salute umana ed in risposta alle terapie. Integrerà il lavoro del Centro di Genomica, utilizzando un approccio computazionale e bioinformatico per studiare i processi biologici associati alla malattia. Il Centro si occuperà inoltre dello sviluppo di nuovi metodi di analisi delle immagini, rilevanti per molte aree della biomedicina.

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Iorio Group

Lavoriamo tra biologia, machine learning, statistica e teoria dell'informazione con l'obiettivo di comprendere e prevedere il ruolo delle alterazioni genomiche e dei tratti molecolari derivanti da altre -omiche nei processi patologici, nel ri-cablaggio dei circuiti biologici e il loro impatto sulla risposta terapeutica nei tumori umani e in altre malattie.

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Jug Group

La ricerca condotta dal Jug Group sta spingendo i confini di ciò che l'analisi delle immagini e l'apprendimento automatico possono fare per quantificare i dati (immagini) biologici. Il denominatore comune di tali progetti è l'indiscutibile necessità di analizzare grandi quantità di dati di microscopia ottica senza causare quantità impossibili di gestione manuale dei dati ed elaborazione dei dati ai ricercatori di scienze della vita (ovvero i nostri utenti e collaboratori).

Computational Biology Publications

Pubblicazioni

Project Score database: a resource for investigating cancer cell dependencies and prioritizing therapeutic targets

Lisa Dwane, Fiona M Behan, Emanuel Gonçalves, Howard Lightfoot, Wanjuan Yang, Dieudonne van der Meer, Rebecca Shepherd, Miguel Pignatelli, Francesco Iorio, Mathew J Garnett

2020 - Nucleic Acids Research

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Analysis of CRISPR‐Cas9 screens identify genetic dependencies in melanoma

Eirini Christodoulou, Mamunur Rashid, Clare Pacini, Droop Alastair, Holly Robertson, Tim van Groningen, Amina.F.A.S Teunisse, Francesco Iorio, A.G. Jochemsen, David.J. Adams, Remco van Doorn

2020 - Pigment Cell and Melanoma Research

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Drug mechanism‐of‐action discovery through the integration of pharmacological and CRISPR screens

Emanuel Gonçalves, Aldo Segura‐Cabrera, Clare Pacini, Gabriele Picco, Fiona M Behan, Patricia Jaaks, Elizabeth A Coker, Donny van der Meer, Andrew Barthorpe, Howard Lightfoot, Tatiana Mironenko, Alexandra Beck, Laura Richardson, Wanjuan Yang, Ermira Lleshi, James Hall, Charlotte Tolley, Caitlin Hall, Iman Mali, Frances Thomas, James Morris, Andrew R Leach, James T Lynch, Ben Sidders, Claire Crafter, Francesco Iorio, Stephen Fawell, Mathew J Garnett

2020 - Molecular Systems Biology

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Identification of Intrinsic Drug Resistance and Its Biomarkers in High-Throughput Pharmacogenomic and CRISPR Screens

Iñigo Ayestaran, Ana Galhoz, Elmar Spiegel, Ben Sidders, Jonathan R. Dry, Frank Dondelinger, Andreas Bender, Ultan McDermott, Francesco Iorio, Michael P. Menden

2020 - Patterns

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CELLector: Genomics-Guided Selection of Cancer In Vitro Models

Hanna Najgebauer, Mi Yang, Hayley E. Francies, Clare Pacini, Euan A. Stronach, Mathew J. Garnett, Julio Saez-Rodriguez, Francesco Iorio

2020 - Cell Systems

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Agreement between two large pan-cancer CRISPR-Cas9 gene dependency data sets

Joshua M. Dempster, Clare Pacini, Sasha Pantel Fiona M. Behan, Thomas Green, John Krill-Burger, Charlotte M. Beaver, Scott T. Younger, Victor Zhivich, Hanna Najgebauer, Felicity Allen, Emanuel Gonçalves, Rebecca Shepherd, John G. Doench, Kosuke Yusa, Francisca Vazquez, Leopold Parts, Jesse S. Boehm, Todd R. Golub, William C. Hahn, David E. Root, Mathew J. Garnett, Aviad Tsherniak, Francesco Iorio

2019 - Nature Communications

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